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Se ho capito bene, per sporgenze delle ordinate intendi quella parte di compensato (dell'ordinata appunto) che fuoriesce dal ponte e che deve essere tagliata per poi fare il fasciame interno e quindi completare il ponte.
Allego una foto, presa dalle istruzioni della golden hind che sto ora costruendo. L'esempio è pertinente col tuo caso? ho centrato il problema?
Le linee tratteggiate indicano la "sporgenza" da eliminare.
Se è così, allora ti consiglio di cercare sin da subito di staccare i listelli incollati lì dove non devono essere attaccati perchè la colla vinilica è molto molto forte. E, se non lo hai già fatto, impegnati a incollare i listelli tra loro, di costa, in modo da avere una struttura abbastanza solida.
Per tagliare via le sporgenze ti consiglio un trapanino con disco abrasivo tipo mini-flessibile/smerigliatrice che può salvarti da tante situazioni (o anche metterti nei guai)
Buon cantiere